Logowanie do KSeF odbywa się za pośrednictwem oficjalnej platformy Ministerstwa Finansów. Aby uzyskać dostęp do systemu, użytkownik musi przejść proces uwierzytelniania. Do wyboru są trzy metody logowania:
- Profil Zaufany (ePUAP) – Jest to jedna z najpopularniejszych metod logowania, szczególnie dla osób prowadzących jednoosobową działalność gospodarczą. Profil Zaufany można założyć przez bankowość elektroniczną lub w placówkach urzędowych.
- Kwalifikowany podpis elektroniczny – Jest to narzędzie używane głównie przez większe firmy oraz osoby posiadające certyfikat kwalifikowany. Podpis taki pozwala na jednoznaczną identyfikację użytkownika i jest wymagany w niektórych procesach biznesowych.
- Certyfikat KSeF – Firmy, które chcą umożliwić dostęp do systemu swoim pracownikom lub księgowym, mogą wygenerować specjalny certyfikat dostępu do KSeF, który pozwoli na autoryzację użytkowników bez konieczności używania Profilu Zaufanego lub podpisu kwalifikowanego.
Po zalogowaniu się do KSeF użytkownik uzyskuje dostęp do panelu administracyjnego, w którym może wystawiać, odbierać oraz weryfikować faktury ustrukturyzowane.