KSeF obsługuje wyłącznie faktury ustrukturyzowane w formacie XML zgodnym ze standardem FA(3). Jest to format narzucony przez Ministerstwo Finansów, który pozwala na automatyczną analizę i przetwarzanie danych. Faktury muszą być zgodne z określonym schematem, zawierającym pola obowiązkowe, takie jak:
Faktury wystawione w innym formacie (np. PDF, DOC, XLS) nie są obsługiwane przez KSeF, dlatego przedsiębiorcy muszą dostosować swoje systemy księgowe do generowania plików XML zgodnych z wymogami.


