Korzystanie z KSeF to nie tylko obowiązek, ale i liczne korzyści. Przede wszystkim system znacząco przyspiesza proces wymiany dokumentów między firmami, eliminując konieczność drukowania i przesyłania faktur papierowych. Automatyzacja procesów księgowych dzięki e-fakturom pozwala zredukować koszty administracyjne oraz zminimalizować błędy wynikające z ręcznego wprowadzania danych. Ponadto przedsiębiorcy mogą skorzystać z dodatkowych funkcji KSeF, takich jak automatyczna weryfikacja poprawności faktur oraz powiadomienia o ewentualnych błędach, co dodatkowo ułatwia prowadzenie działalności.
Dodatkowo, KSeF zapewnia większe bezpieczeństwo danych poprzez stosowanie zaawansowanych mechanizmów kryptograficznych, a także znacznie przyspiesza procedury kontroli podatkowych. Dzięki scentralizowanemu systemowi organy podatkowe mają natychmiastowy dostęp do danych, co pozwala na szybkie wykrywanie nieprawidłowości. Firmy mogą liczyć także na szybsze zwroty VAT dzięki sprawniejszemu przetwarzaniu danych w systemie. Wprowadzenie elektronicznego systemu ma również na celu eliminację luk podatkowych i minimalizację przypadków oszustw. Co więcej, system umożliwia lepsze zarządzanie płynnością finansową firm, dzięki natychmiastowemu dostępowi do wystawionych faktur i ich odbiorcom.