Konsekwencje niewystawienia faktury przez KSeF

Zgodnie z nowelizacją przepisów o VAT, KSeF, czyli Krajowy System e-Faktur, będzie jedynym obowiązującym formatem wystawiania faktur w Polsce – w ściśle określonych terminach w 2026 r. Dla wielu przedsiębiorców oznacza to konieczność gruntownego przeorganizowania dotychczasowych procedur wystawiania dokumentów sprzedażowych. Najistotniejsze jednak pytanie brzmi: jakie skutki i kary grożą podatnikowi za niewystawienie faktury w KSeF, jeśli taki obowiązek już wejdzie w życie? W niniejszym artykule analizujemy najważniejsze konsekwencje prawne i podatkowe oraz podpowiadamy, jak uniknąć problemów.

Od kiedy fakturowanie w KSeF staje się obowiązkowe?

Zgodnie z ustawą nowelizującą przepisy o VAT:

• 1 lutego 2026 r. – obowiązek obejmie przedsiębiorstwa, które w 2025 r. przekroczą próg 200 mln zł wartości sprzedaży (razem z podatkiem).
• 1 kwietnia 2026 r. – reszta podatników, w tym małe i średnie firmy, zostanie objęta obowiązkiem.

Przed tymi terminami wystawianie faktur w formie papierowej lub PDF jest wciąż dozwolone (ewentualnie można korzystać z KSeF dobrowolnie). Jednak gdy tylko data dla danej grupy przedsiębiorców nadejdzie, jedyną prawnie obowiązującą formą faktury stanie się dokument w formacie XML wysłany do KSeF.

Dlaczego ustalono dwa terminy?

Podział na terminy wynika z chęci rozłożenia w czasie adaptacji nowych przepisów. Najwięksi podatnicy (powyżej 200 mln zł obrotu) charakteryzują się większą skalą działalności, a także bardziej rozbudowanymi systemami księgowymi, dlatego ustawodawca wymaga od nich szybszego dostosowania się do centralnej platformy e-Fakturowania.

Dlaczego niewystawienie faktury w KSeF jest naruszeniem przepisów?

Po przekroczeniu właściwego terminu:

1. Jedyna forma legalnego dokumentu – przepisy wskazują, że faktura wystawiona w formacie XML i wysłana do KSeF staje się jedyną akceptowaną formą dokumentu sprzedaży w rozumieniu ustawy o VAT (z pewnymi ściśle określonymi wyjątkami).
2. Walidacja i numer identyfikacyjny – system nadaje dokumentowi unikalny numer, a nieprzesłanie faktury do KSeF skutkuje uznaniem jej za niewłaściwie wystawioną (pod kątem formalnym).
3. Kontrola organów skarbowych – brak rejestracji w systemie utrudni weryfikację obrotów oraz rozliczeń VAT, co może prowadzić do nałożenia kar administracyjnych czy finansowych.

W konsekwencji, niezastosowanie się do przepisów jest traktowane jako uchybienie obowiązku dokumentacyjnego, uregulowanym w ustawie o VAT, a także w kodeksie karnym skarbowym.

Możliwe sankcje administracyjne i kary finansowe

Przedsiębiorca, który po wejściu w życie obowiązku nie będzie wystawiał faktur w KSeF, może się narazić na:

• Grzywnę – nakładaną na podstawie kodeksu karnego skarbowego za niewystawienie faktury lub wystawienie jej niezgodnie z przepisami (tu: nieprzesłanie do KSeF). W zależności od skali naruszenia i okoliczności, grzywna może sięgać nawet kilkudziesięciu tysięcy złotych.
• Kary pieniężne określone w ustawie o VAT – ustawa przewiduje możliwość nakładania sankcji procentowych od wartości transakcji, jeśli organy podatkowe uznają, że naruszenie przepisów miało charakter istotny.
• Dodatkowe postępowania wyjaśniające – brak rejestracji dokumentów w KSeF może skutkować wydłużeniem czasu kontroli skarbowych i prowadzić do większego obciążenia administracyjnego dla firmy.

Należy mieć na uwadze, że powyższe sankcje mogą się kumulować, jeżeli przedsiębiorca wielokrotnie unika wystawiania faktur w KSeF albo robi to w sposób rażąco niezgodny z przepisami.

Konsekwencje dla rozliczeń podatkowych (VAT, PIT i CIT)

Nieprawidłowe wystawienie faktury (np. poza KSeF) może spowodować:

1. Konieczność korekty deklaracji – organ skarbowy może nakazać korekty w rozliczeniach VAT bądź w księgach rachunkowych (w kontekście podatków dochodowych), jeśli brak ewidencji w systemie uzna za uchybienie formalne.
2. Odsetki od zaległości – jeżeli brak prawidłowo wystawionej faktury doprowadził do nieprawidłowego rozliczenia VAT lub zaniżenia zobowiązania podatkowego, przedsiębiorca może być obciążony odsetkami za zwłokę.
3. Ryzyko zakwestionowania kosztów uzyskania przychodu – w przypadku PIT bądź CIT urząd może podważyć zasadność niektórych kosztów, jeśli przedsiębiorca nie wykazał poprawnej dokumentacji.

W dłuższej perspektywie przedsiębiorstwo ryzykuje narastaniem problemów w księgowości, co przekłada się na pogorszenie relacji z kontrahentami i wzrost kosztów obsługi administracyjnej.

Wpływ na prawo do odliczenia podatku naliczonego przez kontrahenta

Gdy wystawca faktury nie zarejestruje dokumentu w KSeF, druga strona transakcji (nabywca):

• Może nie otrzymać prawidłowej faktury w formacie XML, co uniemożliwi mu wykazanie podatku naliczonego w rejestrze VAT.
• Będzie miała problem z udowodnieniem, że transakcja została właściwie udokumentowana.
• Może zażądać od wystawcy wprowadzenia faktury do KSeF – co oznacza konieczność wystawienia prawidłowego dokumentu z datą bieżącą (lub korekty, jeśli przepisy na to pozwalają).

Dla kontrahenta niewłaściwe wystawienie dokumentu to poważne komplikacje w rozliczeniach, co może skutkować narastaniem sporów handlowych i brakiem terminowego zwrotu podatku naliczonego.

Czy papierowa lub PDF-owa faktura wystawiona po terminie jest ważna?

Od dnia, w którym pojawia się prawny obowiązek (1 lutego lub 1 kwietnia 2026 r. – zależnie od przedsiębiorstwa), formatem „oficjalnym” staje się tylko:

• e-Faktura ustrukturyzowana w formacie XML,
• przesłana i zaewidencjonowana w bazie KSeF.

Faktura papierowa czy PDF wystawione już po upływie terminu nie spełniają wymogów ustawy o VAT, ponieważ nie zostają zarejestrowane w systemie. Można je traktować jedynie jako dodatkowe dokumenty informacyjne (np. „preview” dla klienta), ale nie pełnią roli formalnej faktury sprzedaży. W razie kontroli podatkowej dokument wystawiony wyłącznie w PDF-owej formie może być uznany za „niewystawiony” w kontekście rozliczeń podatkowych.

Wyjątki i sytuacje awaryjne – czy zawsze trzeba wystawiać w KSeF?

Przepisy przewidują kilka scenariuszy, w których tymczasowo można posłużyć się inną formą dokumentu, np.:

• Awaria internetu lub brak dostępu do systemu KSeF (np. problemy techniczne po stronie Ministerstwa Finansów).
• Wyłączone obszary działalności – niektóre branże lub typy transakcji mogą być objęte specjalnym trybem wystawiania dokumentów (w toku prac legislacyjnych doprecyzowano, że np. bilety kolejowe, lotnicze, parkingowe mogą w określonych warunkach zastępować fakturę VAT).

Istotne jest jednak, że w większości takich przypadków przedsiębiorca ma obowiązek po ustaniu awarii bądź okoliczności nadzwyczajnych wprowadzić faktury do systemu (tzw. rejestracja odroczona). Niedopełnienie tego obowiązku również może skutkować sankcjami.

Przykładowe sytuacje, w których przedsiębiorca może naruszyć przepisy

1. Niewiedza lub zaniedbanie – firma zapomniała o wejściu w życie nowego obowiązku i nadal wystawia faktury PDF, nie przesyłając ich do KSeF.
2. Zbyt późna integracja IT – przedsiębiorstwo nie zaktualizowało systemu księgowego do generowania i wysyłania plików XML zgodnych z wymogami KSeF, wskutek czego faktury są wciąż w formacie papierowym.
3. Awaria systemu – wystawca faktur nie dopełnił formalności wprowadzenia dokumentów do KSeF po ustaniu awarii, traktując wydruk papierowy jako wystarczający.

We wszystkich tych przypadkach urząd skarbowy może uznać, że dopełnienie formalności związanych z wystawieniem faktury nie miało miejsca, co rodzi konsekwencje finansowe i administracyjne.

Najczęściej zadawane pytania

1. Czy można wystawić fakturę „poza KSeF” i następnie wgrać ją do systemu z opóźnieniem?
   Zasadniczo nie. Dokument uznaje się za wystawiony w momencie, gdy zostanie zarejestrowany w KSeF, a system nada mu unikalny numer. Spóźnione wgranie faktury może być rozpatrywane jedynie w sytuacjach awaryjnych – należy wówczas dochować terminów określonych w przepisach.
2. Co zrobić, gdy kontrahent nie przyjmuje faktur z KSeF i żąda papierowego dokumentu?
   Po wejściu w życie obowiązku, faktura w formie XML przesłana do KSeF jest jedyną obowiązującą formą. Kontrahent może otrzymać kopię PDF, jeśli to ułatwia mu wewnętrzne procedury, ale ważność urzędową zachowuje tylko faktura w systemie. Odmowa „przyjęcia” e-Faktury przez kontrahenta nie zwalnia wystawcy z obowiązku rejestracji w KSeF.
3. Czy za pojedyncze naruszenie (wystawienie kilku faktur poza KSeF) grożą surowe kary?
   Wysokość kar zależy od skali i częstotliwości uchybień. Organ podatkowy może wziąć pod uwagę okoliczności łagodzące (np. krótki okres po wejściu w życie przepisów, udokumentowany brak dostępu do sieci) i wymierzyć symboliczną grzywnę. Jednak przy rażącym lekceważeniu przepisów sankcje mogą być dotkliwe finansowo.

Podsumowanie

Jakie są konsekwencje niewystawienia faktury przez KSeF po wprowadzeniu obowiązku?

• Dokument sporządzony poza systemem KSeF (np. papier, PDF) nie będzie uznany za prawidłową fakturę VAT.
• Grożą za to kary finansowe i sankcje administracyjne, określone w ustawie o VAT i kodeksie karnym skarbowym.
• Rozliczenia podatkowe mogą zostać poważnie zakwestionowane – zarówno od strony sprzedawcy (wystawcy faktury), jak i nabywcy (chcącego odliczyć podatek naliczony).
• Wyjątki mają charakter szczególny (np. awaria systemu KSeF) i zawsze wiążą się z koniecznością uzupełnienia dokumentów w określonym terminie.

Najbardziej efektywną formą zapobiegania problemom z KSeF jest wcześniejsze przygotowanie firmy: aktualizacja oprogramowania księgowego, przeszkolenie personelu oraz zaplanowanie procedur na wypadek awarii systemu. Dzięki temu przedsiębiorca nie tylko uniknie sankcji, ale też skorzysta z zalet cyfrowego fakturowania, takich jak szybsze rozliczenia i większa transparentność.