Wdrożenie obowiązkowego KSeF wiąże się z szeregiem nowych obowiązków dla przedsiębiorców. Przede wszystkim każda firma powinna dostosować swoje oprogramowanie księgowe i fakturujące do nowego standardu XML wymaganego przez Ministerstwo Finansów. Niezastosowanie się do nowych regulacji może skutkować poważnymi konsekwencjami finansowymi, w tym sankcjami w postaci kar administracyjnych. Warto również pamiętać, że przedsiębiorcy powinni monitorować aktualizacje systemu, ponieważ mogą pojawiać się dodatkowe funkcjonalności lub zmiany w sposobie raportowania danych.
Ponadto przedsiębiorcy muszą zadbać o nadanie odpowiednich uprawnień swoim pracownikom do korzystania z systemu KSeF. Może to wymagać wewnętrznych szkoleń oraz reorganizacji procesów księgowych. Ważnym elementem jest również przechowywanie e-faktur – od momentu ich wystawienia dokumenty powinny być przechowywane przez okres co najmniej 10 lat, co pozwala na łatwiejszą kontrolę skarbową oraz zwiększa przejrzystość dokumentacji podatkowej przedsiębiorstwa. Dodatkowym obowiązkiem firm jest też raportowanie ewentualnych problemów technicznych i zgłaszanie ich do organów skarbowych w przypadku, gdyby nie można było wystawić faktury w systemie KSeF.
Warto także zastanowić się nad wdrożeniem dodatkowych narzędzi wspierających automatyzację obiegu dokumentów, co usprawni procesy księgowe. Coraz więcej dostawców oprogramowania oferuje integracje z KSeF, umożliwiające automatyczne przesyłanie faktur oraz ich walidację, co minimalizuje ryzyko błędów oraz opóźnień w realizacji obowiązków podatkowych.